Yksi erityispiirre atrialaisessa elintarvikeketjussa on salmonellan torjunta ketjumme jokaisessa vaiheessa aina rehuteollisuudesta valmiiseen tuotteeseen asti.

Salmonella on yksi yleisimpiä ruokamyrkytyksiä aiheuttavia bakteereja. Salmonellan torjumisen suhteen Suomessa on oma kansallinen lainsäädäntö. Suomessa salmonellaa ei saa esiintyä ketjun missään vaiheessa ja sen esiintymistä tutkitaan säännöllisesti osana omavalvontaa ja mahdolliset esiintymät saneerataan välittömästi. Maatiloilla tuotantotiloista otetaan säännöllisesti näytteitä salmonellan varalta.

Rehuteollisuuden osalta Eläinten Terveys ry (ETT ry) ylläpitää positiivilistaa rehualan toimijoista, jotka ovat sitoutuneet tautiriskien hallintaan (laadunvarmistussuunnitelma, salmonella torjunta, maahantuonnin tutkimukset). Atrian oma rehutehdas A-Rehu Oy huolehtii salmonnellan torjumisesta toimintansa joka vaiheessa. Onnistuminen varmistetaan tutkimalla näytteitä raaka-aineista, ympäristöstä, valmiista rehuista ja kuljetuskalustosta omavalvontasuunnitelman mukaisesti. Atrian tuottajat hankkivat eläinten rehun ainoastaan positiivilistalla mukana olevilta toimijoilta.

Salmonellan esiintymistä tutkitaan osana omavalvontaa myös teollisuudessa niin raaka-aineiden, tuotantoympäristön kuin lopputuotteiden osalta.